Z uwagi na to, że w systemach prawnych państw UE stosowane są zamiennie lub alternatywnie dwa systemy administrowania spółką: dualistyczny i monistyczny, prawodawca europejski postanowił uregulować je w rozporządzeniu Rady (WE) nr 2157/2001 z dnia 8 października 2001 r. w sprawie statutu spółki europejskiej (SE) (Dz. Urz. UE 2001 L 294/01). Należy zaznaczyć, że monistyczny system zarządzania spółką stanowił novum dla polskiego systemu prawa spółek.
Niezależnie, jaki z typów zarządzania spółką ma funkcjonować w SE wspólnym organem w każdym z tych modeli jest walne zgromadzenie. Cechą charakterystyczną tego organu stanowiącego, jest to, że są w nim reprezentowani akcjonariusze spółki. Funkcjonowanie walnego zgromadzenia zostało w pewnym stopniu unormowane rozporządzeniem SE, w pozostałym, nieuregulowanym w nim zakresie prawodawca europejski odsyła natomiast do właściwych ze względu na siedzibę SE przepisów krajowych. Do przykładowych kompetencji walnego zgromadzenia europejskiej spółki akcyjnej należą: zmiana statutu SE, podjęcie uchwały o przeniesieniu siedziby statutowej spółki, powoływanie organu nadzorczego w systemie dualistycznym lub organu administrującego w systemie monistycznym, czy zatwierdzanie planu przekształcenia SE wraz ze statutem spółki akcyjnej. Walne zgromadzenie co do zasady odbywa się co najmniej raz w roku kalendarzowym, w ciągu sześciu miesięcy po upływie każdego roku gospodarczego chyba, prawo krajowe w stosunku do spółek akcyjnych prowadzących dany rodzaj działalności stanowi inaczej. Ponadto walne zgromadzenie może być zwoływane w dowolnym terminie przez organ zarządzający, administracyjny, nadzorczy lub jakikolwiek inny organ lub też organ właściwy. Także akcjonariusz lub akcjonariusze reprezentujący co najmniej 10 % kapitału zakładowego, mogą wystąpić z wnioskiem o zwołanie walnego zgromadzenia, jak również umieszczenie określonych spraw w porządku obrad walnego zgromadzenia. Uchwały walnego zgromadzenia europejskiej spółki akcyjnej podejmowane są większością ważnie oddanych głosów, chyba, że przepisy samego rozporządzenia lub w przypadku ich braku, przepisy prawa stosowanego do spółki akcyjnej państwa członkowskiego stanowią inaczej.
Jak już zostało wspomniane rozporządzenie SE reguluje tak dualistyczny, jak i monistyczny system zarządzania europejską spółką akcyjną. Założyciele i akcjonariusze SE muszą wybrać, któryś ze wskazanych modeli zarządzania, co powinno zostać zamieszczone w statucie spółki.
Dualistyczny model zarządzania SE zakłada rozdzielenie jej funkcji zarządzających od kontrolnych pomiędzy dwa niezależne organy. Jeżeli dane państwo członkowskie nie zawiera żadnych postanowień odnośnie dualistycznego modelu zarządzania może ono wydać odpowiednie przepisy w tym zakresie. W dualistycznym modelu zarządzania rozporządzenie 2157/2001 przewiduje 3 obligatoryjne organy: zarządzający, nadzorczy oraz walne zgromadzenie.
Rozporządzenie nie wyznacza maksymalnej liczby członków zarządu. Musi być on natomiast przynajmniej jednoosobowy. Państwa członkowskie mogą określić minimalną i maksymalną liczbę jego członków. Postanowienia te mogą także znaleźć się w statucie. Rozporządzenie SE stanowi, że członek lub członkowie organu zarządzającego są powoływani i odwoływani z funkcji przez organ nadzorczy. Co do zakazu niepołączalności mandatu członka organu zarządzającego i nadzorczego rozporządzenie SE ustanawia ogólną regułę wyłączającą taką możliwość. Jednakże organ nadzorczy może przesunąć jednego ze swych członków do wykonywania obowiązków jako członek organu zarządzającego. W trakcie tego okresu, funkcje tej osoby jako członka organu nadzorczego są zawieszone. Państwo członkowskie może przewidzieć tutaj ograniczenie czasowe. Określając kompetencje zarządu SE należy stwierdzić, że co do zasady organ zarządzający prowadzi sprawy spółki europejskiej na własną odpowiedzialność, jednak państwo członkowskie może postanowić, że jeden lub wielu przedstawicieli prowadzi działania bieżące związane z zarządzaniem na zasadach przewidzianych dla krajowych spółek akcyjnych. Kompetencje organu zarządzającego określone są w sposób ogólny i decydujące znaczenie w tej mierze mają przepisy właściwego prawa krajowego.
Drugim z wymaganych organów jest organ nadzorczy. Co do liczby jego członków rozporządzenie pozostawia w tym względzie dowolność statutowi oraz przepisom wewnętrznym państw członkowskich. Polski ustawodawca skorzystał z tej możliwości określając, że rada nadzorcza SE składa się co najmniej z trzech członków, a jeżeli jest ona spółką publiczną – co najmniej z pięciu członków. Prawodawca europejski wprowadził zasadę, zgodnie z którą rada nadzorcza wybierana jest przez walne zgromadzenie z zastrzeżeniem, że członkowie pierwszego organu nadzorczego mogą być powołani przez statut. Organ nadzorczy sprawuje nadzór nad prowadzeniem spraw SE przez organ zarządzający. Organ ten nie jest uprawniony do samodzielnego prowadzenia spraw SE. Podejmuje on jednak pewne, konkretnych rozstrzygnięcia merytoryczne oraz wprowadza je w życie za pomocą dostępnych dla rady nadzorczej metod. Statut może oczywiście rozszerzać kompetencje rady nadzorczej.
W rozporządzeniu 2157/2001 odmiennie został uregulowany monistyczny system zarządzania SE, którego główną cechą jest to, że istnieje w nim jeden organ administrujący. Do czasu wprowadzenia rozporządzenia 2157/2001 w polskim systemie prawnym brak było uregulowań odnoszących się do tego systemu. Wprowadzenie szczegółowych uregulowań odnośnie tego organu nastąpiło w ustawie z dnia 4 marca 2005 r. o europejskim zgrupowaniu interesów gospodarczych i spółce europejskiej (Dz. U. Nr 62, poz. 551 z późn. zm.). Należy zauważyć, że do głównych cech systemu monistycznego należą:
- zarząd i rada nadzorcza zostają zastąpione jednym organem – radą administrującą;
- zakres pracy organu zarządzającego i nadzorującego został połączony (istnieje możliwość rozdzielenia ich funkcji), kompetencje do prowadzenia spraw spółki mogą zostać przekazane dyrektorowi wykonawczemu;
- brak jest możliwości łączenia funkcji przewodniczącego rady administracyjnej z funkcją generalnego dyrektora wykonawczego, jednak istnieje możliwość jednoczesnego pełnienia funkcji członka rady administracyjnej i dyrektora wykonawczego;
- walne zgromadzenie nie może wydawać dyrektorom wykonawczym wiążących poleceń w kwestiach prowadzenia spraw SE, ponieważ jest to wyłączna kompetencja rady administracyjnej.
Państwo członkowskie może przewidzieć, że jeden lub wielu przedstawicieli, prowadzi bieżące sprawy związane z zarządzaniem na własną odpowiedzialność, na tych samych warunkach, jakie są przewidziane w spółkach akcyjnych, mających statutową siedzibę na terenie danego państwa członkowskiego. W systemie monistycznym reprezentacja jest powierzana dyrektorom wykonawczym, przy czym decydujące znaczenie w tej kwestii mają przepisy krajowe. Liczba członków organu administrującego zależy od postanowień statutu jednak państwa członkowskie mogą ustanowić ich minimalną lub maksymalną liczbę. Są oni powoływani przez walne zgromadzenie. Członkowie pierwszego organu administracyjnego mogą być wskazani w statucie. Kwestie odwołania członków organu administracyjnego reguluje natomiast właściwe prawo krajowe. Rozporządzenie 2157/2001 stanowi, że organ ten powinien się gromadzić przynajmniej raz na trzy miesiące. Organ administracyjny powinien wybrać ze swojego grona przewodniczącego.
Pewne kwestie zostały natomiast uregulowane wspólnie dla systemu dualistycznego i monistycznego. Pierwszą z nich jest okres na jaki mogą być ustanowieni członkowie organów SE. Zasadą jest, że okres ten ustala statut, jednak nie może on przekraczać sześciu lat. Członkowie organów mogą być wybierani ponownie. Wspólnie uregulowano także:
- kwestię funkcjonowania osób prawnych jako członków organów SE;
- ograniczeń w przedmiocie sprawowania funkcji członka organu;
- rodzaj spraw wymagających zgody organu zarządzającego albo nadzorczego lub uchwały rady administracyjnej;
- zakaz ujawniania informacji dotyczących SE przez członków jej organów;
- kworum i zasady podejmowania decyzji;
- odpowiedzialność członków organów europejskiej spółki akcyjnej.